Как оказалось, геном представлен последовательностью 29727 нуклеотидов. Он включает 11 открытых рамок считывания (ORF) и его структурная организация близка к другим представителям семейства коронавирусов.

Как известно, род Коронавирусы подразделяется на три группы. Представители первых двух вызывают заболевания у млекопитающих, а третьей - только у птиц. Анализ последовательности ограниченного участка гена репликазы (rep) ТОРС-ассоциированного коронавируса (ТОРС-КоВ) показал, что он имеет ряд отличий от других известных коронавирусов. Позднее был проведен более полный структурный сравнительный анализ генома вируса ТОРС.

Сейчас помимо известного штамма Урбани, изучены ещё три варианта вируса ТОРС. При сравнении полученных данных показано, что все геномы чрезвычайно близки друг с другом и отличаются только по 24 из 29727 позиций нуклеотидов. Геном вируса представлен полиаденилированой РНК, содержащей в своем составе 41% Г и Ц нуклеотидных остатков (Г/Ц-насыщенность геномов известных коронавирусов составляет 37 - 42%). Расположение ORF в геноме типично для коронавирусов. На 5'-конце - ген rep, включающий ORF1 и ORF2, которые кодируют полипептиды, подвергающиеся процессингу с образованием ферментов вируса; затем - гены, кодирующие структурные белки, четыре из которых: S (шипа), E (оболочки), M (мембраны) и N (нуклеокапсида) являются характерными для всех коронавирусов. Продукты rep гена образуются в результате прямой трансляции геномной РНК, тогда как для синтеза других вирусных белков необходима предварительная транскрипция с образованием отдельных молекул мРНК.

Ген гемагглютининэстеразы, присутствующий у коронавирусов второй, и некоторых представителей третьей группы, не обнаружен в геноме ТОРС-КоВ.

Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей, кодирующих ферменты и структурные белки вируса ТОРС и других коронавирусов, указывает на высокую гомологию данных участков геномов. Вместе с тем различия в соответствующих нуклеотидных последовательностях позволяют провести четкую границу между вирусом ТОРС и другими коронавирусами. Эти различия более характерны для структурных белков, нежели для ферментов, и в целом полученные данные позволяют сделать вывод о возникновении новой группы в составе рода коронавирусов.

Полная расшифровка генома вируса ТОРС ясно демонстрирует то, что данный вирус несет в себе черты рода коронавирусов и в тоже время отличается от всех известных представителей этой группы. Несмотря на известную нуклеотидную последовательность генома вируса ТОРС, вопрос о его происхождения до сих пор остается открытым, и потенциальный предшественник данного вируса среди коронавирусов животных еще не известен.

Дальнейшие исследования, несомненно, дадут возможность обнаружить источник возникновения и природные резервуары вируса ТОРС, а также помогут в разработке диагностических тестов, средств профилактики и лечения этой пока еще достаточно опасной патологии.

Paul A. Rota, M. Steven Oberste, Stephan S. Monroe, etc.

Characterization of a Novel Coronavirus Associated with Severe Acute Respiratory Syndrome

Sciense Express

01 May 2003